【第二季】利用微生物培養(yǎng)基的景觀來預測新的有機體媒體配對

上述（A）的生態(tài)和（b）對物種進化之間的距離是作圖品種對共享至少一個中等DSMZ每個生態(tài)系統(tǒng)發(fā)育或距離內(nèi)倉的比例。氣泡區(qū)域被縮放到在每個倉生物體對的數(shù)目。任何生態(tài)/進化距離共享一個實驗室介質(zhì)的隨機生物體對的級分由水平藍色線表示，以供參考。距離指的是由Greengenes數(shù)據(jù)庫（生態(tài)）生態(tài)共同成長或子樹距離的杰卡德指標決定。

除了精確匹配的媒體如剛才所描述的，我們測試這些協(xié)會是否也持有實驗室介質(zhì)之間部分匹配。我們考慮兩種生物具有局部介質(zhì)匹配，如果兩種生物的**匹配介質(zhì)的比較（或者從所有的列出媒體成分的工會形成的套）超過指定的相似性閾值。實際上，在一定范圍的閾值，并與這些指標的所有組合，都保持媒體相似性和生態(tài)或系統(tǒng)發(fā)生關(guān)聯(lián)之間的相關(guān)性。這些關(guān)聯(lián)不僅表明生態(tài)或系統(tǒng)發(fā)生數(shù)據(jù)可以是在指導上已知的實驗室媒體生物體的培養(yǎng)有幫助的，但是，重要的是，這些數(shù)據(jù)可以用于確定媒體可能子集開發(fā)新穎的培養(yǎng)基制劑時，以包括對于給定的生物體是可用。

通過預測新的傳遞生物體媒體配對

在邏輯和數(shù)學的基本屬性是一個給定的關(guān)系R的潛力傳遞;也就是說，當R是傳遞的，那么（ARB和BRC）意味著（ARC）。為了更好地了解KOMODO微生物生長的已知模式，我們要求財產(chǎn)“媒體共享有機體”是傳遞的。為了驗證這一點，我們搜索了涉及三個生物A，B和C，其中它被賦予A和B在一定介質(zhì)（M1），B和C另一種介質(zhì)上一起成長的共同成長生長介質(zhì)模式科莫多數(shù)據(jù)（M2）和C長出了第三介質(zhì)（M3上;參見圖4A）。鑒于這種模式，并假設傳遞，我們預測，生物體將更有可能比隨機選擇的機體上立方米增長（詳見方法）。出于這樣1000的測試中，我們發(fā)現(xiàn)694正傳遞（即，記錄生長）與實例只有11,000隨機選擇的生物體之間陽性病例。這一結(jié)果強烈表明媒體偏好確實傳遞（二項式P <1E-186）。

英文原文：

Figure 3: Media usage is correlated with ecological and phylogenetic similarity.

The (a) ecological and (b) phylogenetic distances between pairs of species are plotted versus the fraction of species pairs within each ecological or phylogenetic distance bin that share at least one DSMZ medium. Bubble areas are scaled to the number of organism pairs in each bin. The fraction of random organism pairs of any ecological/phylogenetic distance sharing a lab medium is shown by the horizontal blue line, for reference. Distances are determined by a Jaccard metric of ecological co-growth in Greengenes database (ecological) or by subtree distance (phylogenetic; Methods).