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韓春雨論文被自然子刊撤稿:作者主動(dòng)撤回2017-08-03 09:31來(lái)源:澎湃新聞
在國(guó)內(nèi)外學(xué)者幾番公開(kāi)質(zhì)疑其可重復(fù)性過(guò)去一年后,河北科技大學(xué)副教授韓春雨關(guān)于新基因編輯技術(shù)NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術(shù)》撤回。本文威正翔禹/締一生物為您分析韓春雨論文被自然子刊撤稿:作者主動(dòng)撤回。
北京時(shí)間8月3日,《自然-生物技術(shù)》發(fā)表題為《是該數(shù)據(jù)說(shuō)話(huà)的時(shí)候了》社論(原文鏈接),并宣布撤回韓春雨團(tuán)隊(duì)于2016年5月2日發(fā)表在該期刊的論文。澎湃新聞此前便已獲悉,論文撤回,是韓春雨主動(dòng)申請(qǐng)撤回?!蹲匀?生物技術(shù)》在社論中表示:“我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護(hù)已發(fā)表科研記錄完整性的**做法?!?/span> 《自然-生物技術(shù)》在發(fā)表社論的同時(shí),發(fā)布了韓春雨團(tuán)隊(duì)的撤稿聲明。“由于科研界一直無(wú)法根據(jù)我們論文提供的實(shí)驗(yàn)方案重復(fù)出論文圖4所示的關(guān)鍵結(jié)果,我們決定撤回這項(xiàng)研究?!?/span> “雖然許多實(shí)驗(yàn)室都進(jìn)行了努力,但是沒(méi)有獨(dú)立重復(fù)出這些結(jié)果的報(bào)告。因此,我們現(xiàn)在撤回我們的最初報(bào)告,以維護(hù)科學(xué)記錄的完整性。不過(guò),我們會(huì)繼續(xù)調(diào)查該研究缺乏可重復(fù)性的原因,以提供一個(gè)優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)方案?!表n春雨團(tuán)隊(duì)在撤稿聲明中表示。 韓春雨出生于1974年,現(xiàn)為河北科技大學(xué)副教授,本科畢業(yè)于河北師范大學(xué),碩士就讀于中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院,在中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)取得博士學(xué)位。 在學(xué)術(shù)出版里,受到廣泛質(zhì)疑的論文在期刊的調(diào)查和協(xié)調(diào)下,往往由論文作者主動(dòng)向期刊申請(qǐng)撤稿,以減少對(duì)論文作者科學(xué)信譽(yù)的傷害,同時(shí)避免更多的科研工作者繼續(xù)引用該論文。 在前述社論中,《自然-生物技術(shù)》透露了長(zhǎng)達(dá)數(shù)月的調(diào)查過(guò)程:“我們內(nèi)部的圖像完整性篩查沒(méi)有發(fā)現(xiàn)韓春雨論文的明顯異常,復(fù)查數(shù)據(jù)的三位外部評(píng)審人也持相同觀(guān)點(diǎn)”,“我們也詢(xún)問(wèn)了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復(fù)他們的結(jié)果。于是,去年12月,韓春雨及同事,還有另外幾個(gè)與本刊聯(lián)系的獨(dú)立研究小組,提供了新的數(shù)據(jù),稱(chēng)已經(jīng)重復(fù)了NgAgo基因編輯活性。當(dāng)時(shí),本刊編輯和一位外部評(píng)審人都判定這些數(shù)據(jù)太過(guò)初級(jí),不滿(mǎn)足發(fā)表標(biāo)準(zhǔn)。因此,我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時(shí)間來(lái)收集更多的能支持其論點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)證據(jù)?!?/span> 《自然-生物技術(shù)》表示:“現(xiàn)在,距原論文發(fā)表已過(guò)去了一年多,我們了解到當(dāng)初曾報(bào)告說(shuō)初步成功重復(fù)出實(shí)驗(yàn)結(jié)果的獨(dú)立研究小組,無(wú)法強(qiáng)化初始數(shù)據(jù),使其達(dá)到可發(fā)表的水平。類(lèi)似的,在征求專(zhuān)家評(píng)審人的反饋意見(jiàn)后,我們判定韓春雨及同事提供的最新數(shù)據(jù)不足以反駁大量與其初始發(fā)現(xiàn)相悖的證據(jù)。我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護(hù)已發(fā)表科研記錄完整性的**做法。” 此前,該論文甫一發(fā)表,韓春雨團(tuán)隊(duì)及其報(bào)告的NgAgo技術(shù)得到了諸多喝彩聲。論文中所描述的NgAgo技術(shù)是利用格氏嗜鹽堿桿菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸內(nèi)切酶,以DNA為介導(dǎo)進(jìn)行基因編輯,簡(jiǎn)稱(chēng)NgAgo-gDNA。 在論文中,韓春雨團(tuán)隊(duì)使用NgAgo-gDNA技術(shù),在哺乳動(dòng)物細(xì)胞基因組上的47個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行了100%的基因編輯,效率為21.3%~41.3%。按照韓春雨團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,該技術(shù)效率之高,能媲美已有“基因魔剪”之稱(chēng)的CRISPR-Cas9,對(duì)基因的特定位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確地剔除、添入等。 但同年7月以來(lái),該論文的可重復(fù)性得到國(guó)內(nèi)外學(xué)者的廣泛質(zhì)疑。在按照韓春雨論文所述的方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)后,他們無(wú)一例外地沒(méi)有看到NgAgo技術(shù)有能編輯基因的跡象。2016年7月,來(lái)自澳大利亞、美國(guó)、西班牙的學(xué)者在社交媒體推特上公開(kāi)發(fā)聲,表示無(wú)法看到韓春雨論文中的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,為避免資源浪費(fèi),呼吁科研工作者停止使用NgAgo技術(shù)。 2016年10月,北京大學(xué)、中國(guó)科學(xué)院、哈爾濱工業(yè)大學(xué)等13位中國(guó)生物學(xué)家聯(lián)名在媒體上公開(kāi)發(fā)聲,表示無(wú)法重復(fù)該實(shí)驗(yàn)結(jié)果,呼吁有關(guān)部門(mén)啟動(dòng)學(xué)術(shù)調(diào)查。 同年11月,國(guó)內(nèi)外20位生物學(xué)家聯(lián)名在國(guó)際期刊《蛋白質(zhì)與細(xì)胞》上發(fā)表學(xué)術(shù)通訊,正式以學(xué)術(shù)規(guī)范的形式,質(zhì)疑韓春雨團(tuán)隊(duì)該論文的可重復(fù)性。20位學(xué)者在各自的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了重復(fù)實(shí)驗(yàn),但在不同細(xì)胞系和生物中無(wú)法檢測(cè)到NgAgo技術(shù)所產(chǎn)生的基因編輯現(xiàn)象。 同月,來(lái)自美國(guó)、德國(guó)和韓國(guó)的生物學(xué)家在《自然-生物技術(shù)》發(fā)表通信文章,同樣報(bào)告了該實(shí)驗(yàn)無(wú)法重復(fù)。 與通信文章同時(shí)發(fā)表的,還有《自然-生物技術(shù)》的一篇“編輯部關(guān)注”及聲明,“提醒讀者對(duì)原論文結(jié)果(韓春雨課題組論文)的可重復(fù)性存有擔(dān)憂(yōu)”,并表示正在調(diào)查該論文,原作者“補(bǔ)充信息和證據(jù)來(lái)給原論文提供依據(jù)是非常重要的”。 不到兩個(gè)月后的2017年1月,《自然-生物技術(shù)》發(fā)言人發(fā)表聲明,表示獲得了與NgAgo系統(tǒng)可重復(fù)性相關(guān)的新數(shù)據(jù),在決定是否采取進(jìn)一步行動(dòng)之前,需要調(diào)查研究這些數(shù)據(jù)。 在被質(zhì)疑的一年時(shí)間里,韓春雨不愿公開(kāi)實(shí)驗(yàn)記錄,并表示他的實(shí)驗(yàn)可重復(fù),他正在不斷改進(jìn)實(shí)驗(yàn)效率。韓春雨還曾表示,其他實(shí)驗(yàn)室無(wú)法重復(fù),80%的原因是實(shí)驗(yàn)用的細(xì)胞被污染了。 以下為《自然-生物技術(shù)》社論全文及韓春雨撤稿聲明: 《自然-生物技術(shù)》社論:是該數(shù)據(jù)說(shuō)話(huà)的時(shí)候了 一項(xiàng)宣稱(chēng)通過(guò)Argonaute酶實(shí)現(xiàn)基因編輯的研究被撤回,這顯示了論文發(fā)表后的同行評(píng)議在全天候媒體時(shí)代的重要性。 本期,韓春雨及同事撤回了發(fā)表于去年5月的一篇論文。該論文稱(chēng),短5′磷酸化單鏈DNA可引導(dǎo)格氏嗜鹽堿桿菌核酸內(nèi)切酶(NgAgo)產(chǎn)生雙鏈斷裂,實(shí)現(xiàn)對(duì)人類(lèi)基因組的編輯。論文一發(fā)表,便引起科研人員的極大興趣和媒體的競(jìng)相報(bào)道。但是很快,在推特、博客和其它社交媒體的助燃之下,有關(guān)該研究可重復(fù)性的質(zhì)疑開(kāi)始迅速增多。去年11月,本刊發(fā)表了“編輯部關(guān)注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意這些可重復(fù)性方面的擔(dān)憂(yōu)。為了最終解決這個(gè)爭(zhēng)議,多個(gè)研究小組在數(shù)月里生成了更多的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。如今塵埃落定,這也是世界各地的許多實(shí)驗(yàn)室為澄清NgAgo的功能而付出的大量時(shí)間、精力和資金的證明。 韓春雨的這篇論文自去年發(fā)表后所產(chǎn)生的影響力,再怎么夸張地說(shuō)也不為過(guò),尤其是在論文的來(lái)源地中國(guó)。中國(guó)媒體紛紛進(jìn)行報(bào)道,以大標(biāo)題宣告一項(xiàng)全新基因編輯系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)。這無(wú)疑是一篇中國(guó)去年被報(bào)道最多的論文;媒體監(jiān)測(cè)公司融文(Meltwater)的數(shù)據(jù)顯示,僅在論文發(fā)表后的最初兩個(gè)月,就有將近4000篇相關(guān)的中文新聞報(bào)道。 NgAgo的轟動(dòng)之處集中在它有可能補(bǔ)充,甚至取代CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)之一點(diǎn)上。NgAgo有望以一個(gè)目標(biāo)序列進(jìn)行基因編輯(Cas9不僅需要目標(biāo)序列,還需要另外一個(gè)附近的識(shí)別(PAM)序列)。而且,初始數(shù)據(jù)還顯示了它在其它方面的優(yōu)勢(shì),如引物的穩(wěn)定性更強(qiáng)(DNA相對(duì)于Cas9采用的RNA),增強(qiáng)特異性,減少基因組編輯脫靶,改善在基因組富含GC區(qū)域的活性,以及使所用的試劑更易于合成和處理。 如果說(shuō)這一切都聽(tīng)上去太過(guò)美好而令人難以置信,那么去年夏天以來(lái),隨著越來(lái)越多的實(shí)驗(yàn)室無(wú)法重復(fù)該論文所報(bào)告的基因組編輯功能,質(zhì)疑聲便開(kāi)始出現(xiàn)了。在各種基因組編輯會(huì)議上,在新聞?dòng)懻摻M和電子郵件中,這篇論文成為最熱話(huà)題之一。這很快便引起媒體注意,有關(guān)該初始報(bào)告有效性的正反兩方面的聲音開(kāi)始交鋒。我們內(nèi)部的圖像完整性篩查沒(méi)有發(fā)現(xiàn)韓春雨論文的明顯異常,復(fù)查數(shù)據(jù)的三位外部評(píng)審人也持相同觀(guān)點(diǎn)。 在此期間,《自然-生物技術(shù)》一直與科研界保持聯(lián)絡(luò),關(guān)注各種為重復(fù)論文所做的持續(xù)努力。最終,在編輯們的協(xié)調(diào)下,三個(gè)獨(dú)立小組的成果形成了一篇單獨(dú)的反駁性論文,并通過(guò)了同行評(píng)議(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了這些數(shù)據(jù),我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問(wèn)題,我們將正式的“編輯部關(guān)注”發(fā)表在該篇論文所在的網(wǎng)址上,此舉得到包括韓春雨在內(nèi)的兩位論文作者的支持。 我們也詢(xún)問(wèn)了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復(fù)他們的結(jié)果。于是,去年12月,韓春雨及同事,還有另外幾個(gè)與本刊聯(lián)系的獨(dú)立研究小組,提供了新的數(shù)據(jù),稱(chēng)已經(jīng)重復(fù)了NgAgo基因編輯活性。當(dāng)時(shí),本刊編輯和一位外部評(píng)審人都判定這些數(shù)據(jù)太過(guò)初級(jí),不滿(mǎn)足發(fā)表標(biāo)準(zhǔn)。因此,我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時(shí)間來(lái)收集更多的能支持其論點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。 現(xiàn)在,距原論文發(fā)表已過(guò)去了一年多,我們了解到當(dāng)初曾報(bào)告說(shuō)初步成功重復(fù)出實(shí)驗(yàn)結(jié)果的獨(dú)立研究小組,無(wú)法強(qiáng)化初始數(shù)據(jù),使其達(dá)到可發(fā)表的水平。類(lèi)似的,在征求專(zhuān)家評(píng)審人的反饋意見(jiàn)后,我們判定韓春雨及同事提供的最新數(shù)據(jù)不足以反駁大量與其初始發(fā)現(xiàn)相悖的證據(jù)。我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護(hù)已發(fā)表科研記錄完整性的**做法。 這篇有關(guān)NgAgo的論文發(fā)表出來(lái),并不是科研過(guò)程的結(jié)束,而是開(kāi)始。與任何其它發(fā)表出來(lái)的報(bào)告一樣,正是廣大的科研共同體對(duì)相關(guān)方法進(jìn)行了檢驗(yàn),識(shí)別潛在的錯(cuò)誤來(lái)源,驗(yàn)證試劑并優(yōu)化試驗(yàn)。在本例中,有多位敬業(yè)的研究者個(gè)人對(duì)已發(fā)表實(shí)驗(yàn)方法的各種細(xì)節(jié)進(jìn)行檢驗(yàn),并完成記錄翔實(shí)和有對(duì)照組的反駁性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。 這篇NgAgo論文也顯示了社交媒體的利與弊。顯然,這些平臺(tái)對(duì)于迅速提醒廣大科學(xué)界留意該論文可能存在的問(wèn)題發(fā)揮了重要作用。但是,它們也抬高了人們的預(yù)期,以為有關(guān)這篇論文的問(wèn)題是直截了當(dāng),可以快速解決的。然而,關(guān)于NgAgo的各種問(wèn)題是無(wú)法在幾個(gè)星期或幾個(gè)月內(nèi)就能澄清的,這是有原因的。即使是簡(jiǎn)單的實(shí)驗(yàn)也需要花費(fèi)數(shù)周來(lái)準(zhǔn)備、實(shí)施、分析和解決出現(xiàn)的問(wèn)題。另外于事無(wú)益的是,那些進(jìn)行可重復(fù)性研究的人,其付出的努力往往得不到回報(bào)——這樣的工作單調(diào)乏味,沒(méi)有資金支持,還吃力不討好。 難怪在希望得到快速、明確答案的全天候媒體和公眾眼中,論文發(fā)表后的同行評(píng)議流程似乎慢得讓人沮喪。但是,當(dāng)涉及生物學(xué)時(shí),往往沒(méi)有明確的答案。當(dāng)研究重復(fù)性時(shí),有一點(diǎn)我們是知道的,那就是這需要花時(shí)間來(lái)做。就這篇有關(guān)NgAgo的論文而言,現(xiàn)在是時(shí)候了,數(shù)據(jù)已經(jīng)說(shuō)話(huà)了。 撤稿:利用NgAgo進(jìn)行DNA引導(dǎo)的基因組編輯 作者:高峰,沈嘯,姜峰,武永強(qiáng)和韓春雨 Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在線(xiàn)發(fā)表,論文進(jìn)入印刷版后2016年11月28日在線(xiàn)發(fā)表補(bǔ)編;2017年8月2日撤稿;doi:10.1038/nbt.3547 由于科研界一直無(wú)法根據(jù)我們論文提供的實(shí)驗(yàn)方案重復(fù)出論文圖4所示的關(guān)鍵結(jié)果,我們決定撤回這項(xiàng)研究。在該圖中,我們報(bào)告說(shuō),利用5′磷酸化單鏈DNA作為引導(dǎo),NgAgo(Natronobacterium gregoryi Argonaute)能夠有效引起雙鏈斷裂,并對(duì)人體細(xì)胞基因組進(jìn)行編輯。雖然許多實(shí)驗(yàn)室都進(jìn)行了努力(Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,但是沒(méi)有獨(dú)立重復(fù)出這些結(jié)果的報(bào)告。因此,我們現(xiàn)在撤回我們的最初報(bào)告,以維護(hù)科學(xué)記錄的完整性。不過(guò),我們會(huì)繼續(xù)調(diào)查該研究缺乏可重復(fù)性的原因,以提供一個(gè)優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)方案。 |