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新發(fā)現(xiàn):RNA可變剪接在造血干細胞發(fā)生中的作用

2022-01-12 16:03來源:威正翔禹|締一生物

RNA剪接(RNA splicing)是指從DNA模板鏈轉錄出的最初轉錄產物中除去內含子,并將外顯子連接起來形成一個連續(xù)的RNA分子的過程。


RNA剪接機制的研究 ,是80年代生物化學和分子生物學領域中最有生機的研究課題之一,它不僅解決不連續(xù)基因轉錄產物的剪接問題,而且對于了解不連續(xù)基因的起源乃至整個生命起源與進化問題都是有力的推動。


另外,核酸分子的催化功能的發(fā)現(xiàn)拓寬了人們對于酶的認識。


造血干細胞發(fā)生過程中的RNA可變剪接

近日,發(fā)表在《Science Advances》上的一篇名為:“Single-cell architecture and functional requirement of alternative splicing during hematopoietic stem cell formation”的文章,揭示了造血干細胞發(fā)生過程中的RNA可變剪接。


**個造血干細胞(HSCs)產生于哺乳動物胚胎發(fā)育期間的主動脈-性腺-中腎(AGM)區(qū)域。血統(tǒng)追蹤和實時體內觀察表明,造血干細胞來自于造血內皮細胞(HECs),這是一種沿背主動脈腹壁的短暫群體。


最近,這些細胞被分離出來,并以單細胞轉錄組學為基礎,繪制了小鼠HSC發(fā)育全程的RNA剪接圖譜,并對內皮細胞向造血細胞的轉變(EHT)過程中,出現(xiàn)的關鍵可變剪接(alternative splicing, AS)及其上游調控因素進行探究,鑒定出Srsf2因子——通過調控造血細胞特異性AS事件促進HSC發(fā)生的新機制。


圖片



結果1

從AS角度解析T1 pre-HSC所呈現(xiàn)的最為顯著的轉錄本多樣性:

  • AS頻率在T1 pre-HSC時期到達巔峰,與顯著的轉錄本多樣性一致。



結果2

EHT期間轉錄異構體豐度的功能相關差異:

  • 84%的HEC和73%的T1 pre-HSC特征亞型(signature isoforms)是蛋白質編碼轉錄本,負責各種RNA代謝過程相關功能。



結果3

一系列AS事件介導了EHT中的轉錄多樣性:

  • 與AECs相比,“剪接體”途徑的基因表達在HEC中更為豐富。




結果4

血源特異性包括AS事件是可在體內檢測到的,是體外造血細胞生成所必需的。



結果5

Srsf2在內皮階段的缺失會破壞EHT。



結果6

Srsf2協(xié)調造血特異性AS事件:

  • Srsf2通過調節(jié)EHT過程中關鍵基因的剪接模式,從而在HSC發(fā)生中發(fā)揮作用。


   


這項研究中,用到了RNA FISH、qPCR等高精度分子實驗,這些實驗比較容易收到外源DNA、RNA的干擾,因此,為了保證實驗的準確性,如何祛除外源干擾,十分關鍵。


給大家推薦一款神器——PCR Clean?噴霧劑

能夠有效清除DNA或RNA污染:


  • 1分鐘起效;

  • 保護實驗人員與實驗材料,避免接觸DNA污染;

  • 非堿性,無致癌性,成分安全。

PCR Clean?噴霧劑使用方法:


1. 將PCR Clean?噴在操作臺表面,反應1分鐘后,即可用干凈紙巾擦干試劑。注意:如果沒有擦拭干凈,液體揮發(fā)后表面可能有白色殘留,影響美觀。此時可用噴壺噴灑蒸餾水到白色殘留處,然后擦拭即可。

2. 對于移液器要祛除DNA/RNA污染時,請按照說明書拆開移液器,將移液器桿軸浸泡在PCR Clean?噴霧劑中, 1分鐘后取出后用水沖洗,晾干,重新組合。

3. 將PCR Clean?桶裝,可用于補充到噴霧劑瓶中,或用于潔凈間地板等大面積清除DNA/RNA污染。



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