新技術幫助鑒定影響惡性腦瘤發生的關鍵基因

膠質母細胞瘤是一種預后很差的惡性腦腫瘤，在最近一項研究中，來自烏普薩拉大學的研究人員開發出一種方法，用于鑒定功能性突變及其對與膠質母細胞瘤發展相關的基因的影響，該研究發表在《genome biology》雜志上。

癌癥是由導致細胞分裂不受控制的突變引起的。膠質母細胞瘤是一種最具侵略性的腦瘤，且預后很差。然而，目前我們對于非編碼區的突變如何驅動膠質母細胞瘤的發生知之甚少。

為了解決這一問題，烏普薩拉大學的研究人員對膠質母細胞瘤患者腫瘤組織中的DNA進行了全基因組測序，并對發現的突變進行了分析。

研究人員認為，在整個進化過程中在哺乳動物中保持不變的DNA序列可能具有重要的功能。因此，他們將有關突變所在的遺傳區域的進化保守性信息與他們發現的數千個突變相交。

烏普薩拉大學醫學生物化學與微生物學系和布羅德研究所的Kerstin-Lindblad-Toh教授說：“我們選擇集中于保存最完好的遺傳區域中可能影響基因調控的突變序列”。

研究人員使用SEMA3C基因驗證了他們的結果，部分原因是他們在該基因附近的非編碼調控區發現了大量突變，以及先前的發現表明SEMA3C與不良的癌癥預后有關。

“我們研究了非編碼區的突變如何影響SEMA3C的功能和活性。我們的結果表明，SEMA3C附近的一種特定的，進化保守的突變破壞了某些蛋白質的結合。”

這項研究還確定了其他200多個在相關區域富集非編碼突變的基因。這些可能具有調節其它基因表達的潛力，Forsberg-Nilsson總結說：“我們的結果證實了非編碼區遺傳變異，它們的生物學功能和疾病病理之間關聯的重要性。”